军委会判断占领南昌之日军，消耗较大，尚未整补，守备兵力也不足，于是令第九战区和第三战区策划反攻南昌，乘日军立足未稳时收复南昌，同时令各战区发动四月攻势(亦称春季攻势)，防止其继续向西进犯长沙。4月17日，蒋介石确定了反攻南昌作战方针：先以主力进攻南浔沿线之敌，确实断敌联络，再以一部直取南昌。攻击开始之时机，预定4月24日。其兵力部署的主要内容是：令第一集团军、第十九集团军及第七十四军分别经奉新、大城地区向修水至南昌间南浔铁路挺进，破坏交通；令第十九集团军第四十九军逐次向高安推进，为总预备队；令第三十二集团军以一部固守现有阵地，并以三个师的兵力策应九战区，由赣江以东进攻南昌，并组织一个团的部队，以奇袭手段袭取南昌；令第三十集团军进攻武宁。以上各部均归前敌总司令罗卓英指挥。第二天，白崇禧复电蒋介石，在兵团部署方面提出自己的看法，并认为攻击时间应提前，从速实施，至迟须在22日左右。
4月21日，第七十四军主力进攻高安，并以第四十九军及第七十四军一部北渡锦江，进攻大城、生米街。激战6天后，日军退守奉新、虬岭、万寿官一带。中方此次虽然攻克了大城、高安、生米街等据点，但此后的进展十分艰难，未能按照计划及时挺进至南浔铁路。第三战区的第三十二集团军以主力于23日渡过抚河，向南昌进攻，激战至26日，攻克南昌南的市汊街，渐向南昌逼近。27日，日军调集第一0一师团主力，在空炮支援下，对中国军队实施猛烈反击，双方在南昌东南、正南郊区展开激战，中方伤亡甚大。但蒋介石因急于攻下南昌，于5月1日下令上官云相到前方督战，限5月5日以前攻下南昌。
蒋介石命令下达后，第九战区代司令长官薛岳认为，由于中方军队在南昌防御战后尚未得到补充，武器装备又远逊于日军部队，在优劣态势明显的状态之下进行攻坚作战充满了困难。他认为：查南昌、奉新方面之攻击，自4月漾日开始，已十一天。因我军之装备等不及敌人，而敌人之重兵器、机械化部队与飞机等，能处处协力敌陆军之作战。因此攻击颇难摧毁敌之坚固阵地。现迭奉委座电令：我军作战之方略在消耗敌人，而不被敌人消耗，避实击虚，造成持久抗战之目的。故此次南昌之攻击，即在消耗敌人，避实击虚之原则下，预行设伏，采用奇袭方式，四面进攻，冀以最迅速敏活之手段，夺回南昌。现时已持久，攻坚既不可能，击虚又不可得，敌势虽蹙，但欲求5月5日前攻克南昌，事实上恐难达成任务。他于5月3日将这一看法向陈诚陈述，希望首先取得陈诚的谅解，再转呈于蒋介石。陈诚随后于5月5日将此文全文转报蒋介石。同日，时任桂林行营主任的白崇禧也认为限时攻克南昌的命令不符实际，他致电蒋介石及何应钦，婉转地提出不应胶着在南昌一隅，他说；我军对敌之攻击，必须出其不意，始能奏效。今南昌之敌既已有备，且我军兼旬攻击，亦已尽其努力。为顾虑士气与我最高战略原则计，拟请此后于南昌方面，以兵力三分之一继续围攻，三分之二分别整理，在外则仍宣传积极攻略，而实际则变换攻击目标......两封电报都希望蒋介石审时度势改变限期攻克南昌的命令。7日，蒋介石又接到部队伤亡惨重及第二十九军军长陈安宝牺牲的报告，终于9日下达了停止进攻南昌的命令，南昌会战至此结束。
（陈安宝将军）
作为相持阶段中日双方的首次大战，从3月18日日军开始进攻，到5月9日蒋介石下令终止反攻南昌，南昌会战历时54天。在付出巨大代价后，中国军队仍然没有守住南昌，官兵伤亡损失达到52000余人，此后在第二阶段反攻南昌也未达到目标。南昌失陷后，第三战区与大后方的交通线也被截断，军事补给只能依赖浙赣两省的公路，东南各省未沦陷地区的处境更加困难。
但此次会战在军事，政治上的影响仍有其积极的一面。它使世界尤其是日本军事当局认识到，日军虽然占领了武汉三镇，但既未能迫使国民政府屈服，也未能歼灭中国军队的主力，更没有摧毁中国广大军民的抗战意志。中国军队不仅继续进行抗战，还开始实施战役范围的反攻。南昌会战的失败也暴露出国民党军队抗战的战略战术上的弊端，如不顾作战双方的兵力条件一味打正规战，而轻视运动战和游击战，这给国民党军队带来了深刻的经验教训。
（文献主要来源：步平，王建朗.中国抗日战争史第二卷（战时军事），社会科学文献出版社）
