学校前身江西医学院、江西大学和江西工业大学分别溯源于1921年创建的江西公立医学专门学校、1940年创建的国立中正大学和1958年创建的江西工学院。1993年江西省委省政府决定将江西大学与江西工业大学合并组建南昌大学,1997年南昌大学被教育部列入国家“211工程”重点建设大学,2004年成为教育部与江西省人民政府共同建设大学,2005年南昌大学与原江西医学院合并组建新的南昌大学。党和国家领导人、教育部和江西省委、省政府高度重视学校的建设与发展。1950年,毛泽东同志给江西医学院教师夏永新回信,勉励其要努力工作、加强医修。1995年3月,时任中共中央总书记、国家主席、中央军委主席江泽民同志为南昌大学题词:“建设好南昌大学为江西经济腾飞和社会进步作出更大贡献。”1994年5月,时任国务院总理李鹏同志鼓励南昌大学进一步发展并题词:“提高办学水平,振兴江西经济。”2008年10月,习近平同志视察学校时深情寄语“南昌大学前景无限”。2016年2月,习近平总书记再次亲临学校视察,就高校科研创新和人才培养发表重要讲话,并勉励学校走创新发展之路,希望当代大学生珍惜韶华,把学习成长同党和国家的事业紧紧联系起来、同社会和人民的需要密切结合起来,用青春铺路,让理想延伸。2017年学校进入国家“双一流”世界一流学科建设高校行列。2018年学校成为教育部与江西省部省合建高校