利玛窦在南昌知府衙门附近购得房屋，趁百姓尚未知晓迅速入住。他深知当地民众对外乡人，尤其是外国人的排斥，果不其然，周边邻居联合反对并四处告状，直到见众多士大夫权贵纷纷前来拜访，才作罢罢休。
与此同时，韶州的会院与教堂再起风波。1595年5月一晚，几名醉酒秀才深夜欲入内参观宝物，被守门教友阻拦后寻衅滋事，次日竟恶人先告状。知县下令将华人教友钟鸣仁捉拿公堂，钟鸣仁申辩反被以咆哮公堂罪名杖责枷号。
郭居静神父认为，会院被称作“寺”导致可随意出入，才引来事端，于是关闭小教堂，将欧洲器物封存，改以私人住宅名义运作，仅接待受邀教友。后经一位兵部官员出面设宴调解，当事官吏与秀才致歉，风波才得以平息。
不久郭居静因病返回澳门医治，康复后重回韶州，其间由罗如望、龙华民接替打理会院，二人低调行事，仅私下为教友举行宗教仪式。
此事也让南昌的利玛窦更为谨慎，他在信中表示不再公开开放教堂，改为私下举行弥撒，以交谈代替公开说教，南昌会院也不再称“寺”，而改称“堂”或“院”。当地学者章潢常为利玛窦建言润文，见其应酬繁忙，劝他以不在家为由推辞访客，利玛窦因教义不许撒谎而拒绝，令章潢十分敬佩。
1597年7月，范礼安任命利玛窦为耶稣会中国传教团团长，命其设法进京觐见皇帝以求稳固传教根基，并送来自鸣钟等贡品。利玛窦曾想通过建安王引荐，后察觉亲王无权也不敢擅自引荐外国人，此路行不通。
恰逢1598年万历皇帝生辰，各地官员进京贺寿，利玛窦抓住机遇，联系曾结识的原礼部尚书王忠铭。王忠铭正欲进京贺寿并谋求升迁，欣然同意带其同行。
郭居静等人先行抵达南昌协助准备，1598年6月25日，利玛窦携郭居静、钟鸣仁、游文辉，随王忠铭的官船离开居住三年的南昌会院，启程北上京城。
参考《天主教在华史话》（赵建敏 著）
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