早在武昌攻城受挫之时，一开始抱着坐山观虎斗，等着二败俱伤的时候坐收渔翁之利心理的东南五省联军总司令孙传芳，开始有点按捺不住，准备蠢蠢欲动了。
孙传芳命令部署在江西谢鸿勋师、杨镇东旅，即向赣西北的武宁、修水一带进军，目的在于进扰浏阳、平江、通城等地，威胁国民革命军的侧背，阻止国民革命军进取武汉，并乘机截断其后路。
为此，国民革命军总司令蒋介石命令邓演达和陈可钰负责围困武昌，自己督率李宗仁的第7军，刘峙的第1军第2师转战江西。
蒋介石命令第2、第3军立即进入江西，向萍乡、万载、袁州等地攻击前进，以必要兵力协同第6军夹击修水方面的孙传芳联军。
江西战场对国民革命军来说，关系重大，胜则苏、浙、皖、闽极易得手，败则危及两湖战事，并使广东处于不利境地。对于孙传芳来说，如果江西战场打输了，不仅江西不保，而且会危及苏、浙、皖、闽各省，厄运难逃。所以孙传芳必须坚决守住江西，才能确保华东五省的安全。
9月2日，蒋介石电告程潜，在他本人未入赣以前，第6军暂归朱培德指挥。同时命令嫡系部队第1军第1师进驻浏阳，作为总预备队。
5日，国民革命军主动发起进攻，一路势如破竹。6日，第2、第3军占领萍乡。7日，第2军第5师潭道源部收复赣州。11日，第6军占领修水。12日，蒋介石电令朱培德快速进军，尽快拿下南昌。
赣江上有一条支流叫做漳河，缓缓地流过南昌城的西北。9月19日，国民革命军第6军快速挺进至漳河岸边，兵锋直抵南昌城下。
第6军司令部，军长程潜来回踱着方步，聆听着作战参谋的报告。
“据侦察报告，孙传芳已将南昌守军撤出，沿南浔路向北撤退。”作战参谋正在报告道。
“友军现在在什么位置？”程潜问道。
“第3军已经占领吉安，正在向南昌攻击前进，与我已形成对南昌的夹击之势。”
“城内目前敌军态势如何？”程潜看着挂在墙上的南昌地形图，继续问道。
“据报告，目前南昌城内只有一个骑兵团及少数维持治安的警察，总兵力约在七、八百人左右。”
程潜对着南昌地形图端祥片刻，随即命令道：“命令部队作好战斗准备，今夜夺取南昌城。”
“军长，根据总司令部下达的作战命令，我军应该首先占领德安和涂家埠火车站等战略要地，掩护侧翼安全，然后再会同第3军，一起攻克南昌城。”作战参谋小心翼翼地向程潜提醒道。
“战场形势瞬息万变。为将者，应及时掌握战局，出奇制胜。”
当天晚上，第6军第19师组织了200人的便衣队，在一处城墙的缺口处潜入城内，在工人、学生和省长公署警备队的响应下，向南昌守军发起了进攻。战至拂晓，守敌基本被歼，南昌警备司令刘焕臣和省长李定魁侥幸逃出。南昌被第6军第19师一举攻克。
之后几天，南昌全城张灯结彩，市民们杀猪宰羊，抬着月饼犒劳第6军第19师官兵。正在萍乡的蒋介石也闻讯大喜，还兴致勃勃地参观了安源煤矿，并于当晚出席了萍乡各界的欢迎会，一再感谢各界民众对国民革命军的支援。
由于程潜没有按照预订作战方案，没有和第3军一起合攻南昌。因此由朱培德指挥的第2军、第3军，本来已经离南昌不远了，因听说南昌已被程潜抢先攻下了，便勒兵不前，在原地休息待命了。
当程潜开始攻击南昌之时，曾急电作为总预备队的第1军第1师，应派出相应兵力火速攻占位于城西南的牛行火车站，向北警戒。第17师应向城南靠近赣江西岸的生米街急进，并由该处渡江，向南警戒。但直至20日晚，第1师仅有第1团团长、黄埔一期生孙元良率二个营到达。并于次日对牛行车站发起进攻。因守军顽强抵抗。第1团根本无法取得任何进展，最后还是在第6军第17师、第19师的支援下，至22日才攻下牛行车站。
“什么，竟然给我把南昌城丢了！一群混蛋、饭桶！”
孙传芳听闻南昌城被北伐军攻克，气得暴跳如雷，大发雷霆。侍立一旁的众将官此刻也都面面相觑，大气也不敢出。
“立即电令卢香亭和郑俊彦，趁党军立足未稳，迅速组织力量反攻南昌。电令江西驻军总司令邓如琢，马上自樟树、丰城回攻南昌，限48小时以内，收复失地。否则，军法从事！”
卢香亭和郑俊彦是孙传芳手下的二个王牌悍将。可见，他是不惜一切代价，拼上血本，也要夺回南昌。
卢香亭，字子馨，1880出生于河北省河间县（注：即现在的河间市）卢村。1898年入保定武备学堂，后由学校保荐官费留学日本，在士官学校深造。归国后，在第2镇担任新兵训练教官，后升为营长。后历任鄂军第2师团长、第2师第3步兵旅旅长、第2师师长等职。1925年冬，被孙传芳任命为前敌总司令，率部猛攻并占领奉军驻地浙、沪等地，且渡江追击，在安徽固镇一带大败奉军，为直系立下赫赫战功，被任命为浙江督军。1926年秋冬，孙传芳在闽、浙、赣被国民革命军打败，于次年退到长江以北，卢香亭与奉军张宗昌部联合，率两万余人渡江反攻。奉军与国民革命军一触即溃，卢香亭部孤军作战，伤亡惨重，退回徐州。此时，卢香亭建议孙传芳参加北伐，孙传芳不听，卢香亭不辞而别，潜往天津。“七七事变”后，卢香亭的同学或同僚请他到伪河北省公署任职，遭到拒绝。后来日本人胁迫邀请，卢香亭率家属南下躲避。几年后返回天津，于1948年病逝。
由于程潜攻克南昌后，没有及时切断南浔铁路，因此卢香亭和郑俊彦可以从容调动兵力，乘坐军列源源不断地向南昌集结。此时，邓如琢也收拢部队，开始回攻南昌。
驻守在牛行火车站、由孙元良指挥的第1军第1师第1团首先遭到江西联军的攻击。面对强敌，孙元良指挥失措，率先率部撤退，致使牛行车站这个战略要地失守，南昌门户洞开。随后，程潜急令孙元良率部抢占奉新，掩护第3军主力部队集结。但孙元良并没有奉令而行，率部继续向西仓惶撤退。
南昌城内一座错落有致的庭院内，第1师代师长王俊慌慌张张地闯进厢房，对着正在床上和一个妓女鏖战正酣的王柏龄大声报告道：“报告副军长，牛行火车站已失，孙元良团长已经率部撤退，南昌危在旦夕矣！”
王柏龄闻讯也顾不得面子了，一把推开妓女，翻身下床，边穿衣服边问道：“缪党代表呢？”王柏龄问的是时任第1军第1师的党代表缪斌。
“缪党代表已经不见踪迹，据说已经临阵脱逃了。”王俊气急败坏地回答道。
“废物，混蛋！”
“副军长，我们现在怎么办？”
“还能怎么办？马上撤退。”说罢，穿好衣服的王柏龄首先冲出了房间。
逃跑的王柏龄、缪斌、王俊等人，深知临阵脱逃的罪责重大，军法难容，遂偷偷地躲藏起来。直至国民革命军相继占领南京、上海等地后，觉得风声已过后，才又逐渐纷纷露面。
此时南昌守军只有第6军的一个团，在卢香亭和郑俊彦的夹击下，狼狈溃逃，向莲塘方向撤退。卢香亭和郑俊彦不依不饶，乘胜连续追击。程潜为了躲避追兵，只好剃须去袍，靠江西老俵的领路，乘一头水牛渡江才得以逃出。因他身躯较重，水牛负荷不起，渡江时以致颠翻入江，差点溺死。事后，白崇禧讥笑程潜的这次遭遇为“曹孟德潼关遇马超”。
此役，第6军伤亡惨重。第19师浴血苦战二昼夜，才得以突出重围，但损失在七成以上，第17师则几乎全军覆没。
萍乡国民革命军总司令部，蒋介石神色威严地坐在主席位置上，二边分别坐着第1军第1师的将校军官。此刻，这些将校军官全都正襟危坐，屏住呼吸，双眼平视。他们知道，由于第1军是蒋介石亲自培养出来的党军嫡系部队，更由于副军长王柏龄、1师党代表缪斌临阵脱逃，从而导致第1师全线溃败，蒋总司令已经怒火中烧了。
“这次失败是我们革命军最不名誉的一件事，也是北伐史上最耻辱的一页。”蒋介石霍地从坐位上起身，声色俱厉地说道。
众将校马上刷刷地起身立正，挺直胸口，大气也不敢出。
蒋介石的目光从众将校身上环视一圈，最后把目光停留在孙元良身上，厉声喝道：“第1团团长孙元良！”
“学生在！”孙元良下意识地把胸一挺，但腿却不由自主地有点哆嗦。
“第1团团长孙元良没有得到命令便擅自退却，依照革命军的《连坐法》，应予以枪毙。”
很快，孙元良就消失了。后来才知道，孙元良并没有被抢毙，而是被蒋介石送到日本士官学校留学去了。因为经事后调查，第1师代师长王俊确有命令让孙元良如果遇到敌人优势兵力进攻，可以相机撤退。后王俊见责任重大，又不敢承担责任，就把责任一概推给了孙元良。为此，第1师的黄埔学生不服，联名写报告给蒋介石为孙元良辩冤。但命令既下，孙元良也不便马上官复原职，于是蒋介石索性就悄悄地把他送到日本士官学校深造去了。
第7军本来奉蒋介石之命，由武汉转战江西重镇九江，途中听闻第6军在南昌城下大败而退，李宗仁果断调整作战计划，率部转道向南昌方向攻击前进。在箬溪，与孙传芳谢鸿勋部不期而遇。鏖战近一日，谢鸿勋部在第7军的凌厉攻击下，全线崩溃，2000余人被俘虏，谢鸿勋本人也身受重伤，不久去世。10月3日，第7军乘胜进攻德安，经激战后于当日攻克。德安位于南浔路中心，是孙传芳重要的补给兵站，战略地位十分突出。
闻听第7军取得巨大战果，蒋介石不禁热血沸腾，心潮澎湃。为此，他亲自调集了第1军，以及第2军二个师和第3军全部，决定再攻南昌。
10月5日，先锋部队第1军第2师在刘峙率领下攻占樟树。6日，占领丰城。9日，强渡赣江，兵峰直抵南昌城下。与此同时，2军和3军也陆续抵达南昌。此次围攻南昌，蒋介石几乎动用了右翼集团的全部兵力。
当夜，南昌守军连夜搜集了城内所有商店贮存的煤油。随后，派兵在城门头上用水龙头将煤油喷射于附近的民居屋上，并泼洒大量的硫黄，实施了毁灭性的纵火行为。一时间，惠民门、广润门、章江门、德胜门附近的商铺民居火光冲天，城内财政厅也被烧了。大火借着风势，延烧了三天三夜，总计烧毁房屋在万户以上，著名的滕王阁也毁在这场大火之中，只留下了一块写有“滕王阁”三个字的青石匾牌。
