激活态视锥视蛋白 - Gi 复合物的冷冻电镜结构呈现出差异化的分子特征:
三种视锥视蛋白均具有保守的七次跨膜螺旋(TM1~TM7)核心骨架,整体架构与视紫红质相近;但 LWS 与 MWS 视蛋白在激活态下,以跨膜螺旋 2(TM2)上的 E102²・⁵³(第 102 位、GPCR 通用残基编号 2.53 的谷氨酸残基)作为希夫碱的反离子。
这一机制与另外两类蛋白存在差异:视紫红质以胞外环 2(ECL2)上的 E181^ECL2 作为激活态反离子,而本研究证实 SWS 视蛋白则利用同区域的 E178^ECL2 行使该功能。
结构分析显示,SWS 视蛋白的希夫碱周围存在富含丝氨酸的极性微环境,既有助于稳定蛋白激活态,也是 SWS 视蛋白吸收光谱蓝移的部分成因。
此外,SWS 视蛋白的 TM2 与 TM7 之间还存在一条额外的二硫键,既形成了结构约束,也在希夫碱附近扩张出含水空腔 —— 这些特征在其他视觉视蛋白中均未发现。