1949年5月22日南昌解放。1949年6月9日,中国人民解放军顺利接管国立中正大学。新生的国立中正大学,顺应历史潮流和人民的意愿,于1949年8月改名为“南昌大学”。学校由望城岗迁入市区东面老飞机场(现青山湖校区)。南昌大学在中国共产党和人民政府的领导下,改革旧学制,建设新学制,迅速发展成为一所学科齐全、实力雄厚的综合性大学,直属中南军政委员会教育部,成为中南地区高校翘楚。
新中国的建立与发展,急需培养新型的政治、科学、文化等方面的优秀人才。南昌大学认真贯彻全国高等教育会议精神,对各院系进行了适当调整,使学校发展更上一层楼。1953年8月,奉中南区高等学校院系调整委员会指示,南昌大学先后向湖北、湖南、广东、贵州等中南区省市高校调出了大部分院系、图书资料及仪器设备,向中南区高校输送了大批优秀人才,为中南区乃至全国高等教育的发展做出了历史性的贡献。
1949年9月6日,南昌大学成立改革委员会。艾寒松、农康、魏东明、郭庆棻、蔡方荫、张杰、杨惟义、章瑞麟、宋克定、黄纪曾、吴仁钰、傅铭弟、赵亚平、曾旭果、万泉生、陈仲德、梁耀鑫、杨曾盛、邵荷春19人为委员,艾寒松、农康分别任正、副主任。校改革委员会召开第一次会议,至此,学校各方面工作开始正常运转。
南昌大学初期基本上沿用校、院、系三级建制,设五个学院和一个专修科,即政治学院、工学院、农学院、理学院、文学艺术学院和体育专修科。
政治学院(设有3个系:政治学系、经济学系、法律学系)。
理学院(设有5个系:数学系、物理系、化学系、动物学系、植物学系)。
工学院(设有4个系和6个专科:电机工程学系、机械工程学系、土木工程学系、化学工程学系和土木工程科、机械工程科、化学工程科、采治工程科、农业工程科、水利专修科)。
农学院(设有5个系和1个专科:农艺学系、森林学系、病虫害学系、畜牧学系、兽医学系和农艺科)。
文学艺术学院以江西八一革命大学文艺部、南昌大学文学院调整合并(设有5个系:中国文学系、外国文学系、教育系、历史学系、地理学系)。
体育专修科。
1949年9月26日,学校首次以南昌大学名义招生。其中:理学院招收80名学生,化学系15名。工学院招收150名学生,化学工程学系20名。
1950年6月,校内建制调整。南昌大学设:
文学院,院长魏东明。
理学院,院长郭庆棻,化学系主任邹尧芳。
工学院,院长蔡方荫,化学工程系主任王宗和;化学工程科主任王宗和(兼任)。
农学院,院长杨惟义。
体育专修科,主任章瑞麟。
1951年5月28日,为了培养国家急需的师资,中央教育部批准南昌大学设立师范部。7月正式组建师范部,设立中国语文、史地、数学、物理、化学、生物、艺术(含音乐,美术)、教育、体育9个专科,学制三年。这9个专科除艺术科独立设置外,其余8个科均挂靠在文法学院、理学院和体专各有关系科,系主任兼科主任。学生全部公费,参加统一招生。
这个时期,南昌大学进行了大量的课程改革与教材建设。在教材建设上,各系各有侧重,但力求联系江西实际,如:化学系讲矿物分析时重点分析江西的矿产,化学工程系讲造纸时,根据江西毛竹丰富的特点,偏重讲竹浆造纸。当时化学工程系的仪器设备接近当时中央教育部颁发的设备标准。在实习方面,化学系的学生到上海一心制药厂实习,得到厂方的充分认可,厂方向学生赠送锦旗、康乐球,以表彰他们的创作精神。化学系和土木工程系为省工业厅设计了造纸厂厂房和给水系统蓝图。